Η Περιφερειακή Διεύθυνση είναι υπεύθυνη για την τοπική διαχείριση των πόρων (ανθρώπινων και υλικών) για όλες τις λειτουργίες του νησιού, κατ’ εφαρμογή των διαδικασιών που οργανώνονται και τυποποιούνται από τις Κεντρικές Διευθύνσεις του Ιδρύματος.
Κάθε Περιφερειακή Διεύθυνση συγκροτείται από τα παρακάτω Τμήματα:
α) Περιφερειακό Τμήμα Διοικητικών Υποθέσεων
β) Περιφερειακό Τμήμα Οικονομικών Υποθέσεων
γ) Περιφερειακό Τμήμα Τεχνικών Υπηρεσιών
δ) Περιφερειακό Τμήμα Πληροφορικής και Επικοινωνιών
ε) Περιφερειακό Γραφείο Δημοσίων-Διεθνών Σχέσεων και Δημοσιευμάτων
στ) Περιφερειακό Γραφείο Σπουδών και Φοιτητικής Μέριμνας
