Τα περισσότερα προγράμματα προπτυχιακών σπουδών του Πανεπιστημίου Αιγαίου διαρκούν τέσσερα (4) ακαδημαϊκά έτη, ενώ τα προγράμματα σπουδών των Τμημάτων Μηχανικών του Ιδρύματος διαρκούν πέντε (5) ακαδημαϊκά έτη.
Έναρξη - Λήξη
Η ημερομηνία έναρξης κάθε ακαδημαϊκού έτους είναι η 1η Σεπτεμβρίου και η ημερομηνία ολοκλήρωσής του είναι η 31η Αυγούστου.
Εξάμηνα - Εξεταστικές
Το εκπαιδευτικό έργο κάθε ακαδημαϊκού έτους διαρθρώνεται σε δύο διδακτικές περιόδους, που ονομάζονται εξάμηνα, το χειμερινό (από Οκτώβριο έως Ιανουάριο) και το εαρινό (από Φεβρουάριο έως Ιούνιο). Κάθε εξάμηνο περιλαμβάνει δεκατρείς (13) πλήρεις εβδομάδες διδασκαλίας και ακολουθείται από περίοδο εξετάσεων (εξεταστική), διάρκειας συνήθως τριών (3) εβδομάδων. Πέραν των δύο εξαμήνων, στο ακαδημαϊκό έτος περιλαμβάνεται και τρίτη περίοδος εξετάσεων (επαναληπτική εξεταστική Σεπτεμβρίου)
Ακαδημαϊκό Ημερολόγιο
Η Σύγκλητος του Πανεπιστημίου Αιγαίου καταρτίζει το Ακαδημαϊκό Ημερολόγιο κάθε ακαδημαϊκού έτους. Στο ακαδημαϊκό ημερολόγιο αναφέρονται η έναρξη και λήξη των μαθημάτων του χειμερινού και του εαρινού εξαμήνου, οι εξεταστικές περίοδοι χειμερινού, εαρινού εξαμήνου και της επαναληπτικής εξεταστικής του Σεπτεμβρίου καθώς και η διάρκεια των διακοπών Χριστουγέννων και Πάσχα.
