Η Μονάδα έχει ως αποστολή την εφαρμογή και αξιολόγηση της πολιτικής και των μέτρων για θέματα ασφάλειας και προστασίας εντός των χώρων του Ιδρύματος, με στόχο την εξασφάλιση της ομαλής και αδιάλειπτης άσκησης των εκπαιδευτικών, ερευνητικών, διοικητικών και λοιπών δραστηριοτήτων του Ιδρύματος, καθώς και την υποστήριξη της Επιτροπής Ασφάλειας και Προστασίας (ΕΑΠ) του Ιδρύματος κατά την άσκηση των αρμοδιοτήτων της.