Η διοικητική λειτουργία του Πανεπιστημίου Αιγαίου διέπεται από το ΠΔ145/2007 (οργανισμός). Ο διοικητικές δομές του Πανεπιστημίου Αιγαίου περιλαμβάνουν δύο Γενικές Διευθύνσεις. Λόγω του πολυνησιωτικού χαρακτήρα του Ιδρύματος οι υποκείμενες Διευθύνσεις οργανώνονται σε διάρθρωση Μήτρας με έξι Κεντρικές (θεματικές) Διευθύνσεις και πέντε Περιφερικές (χωρικές) Διευθύνσεις. Το οργανόγραμμα των υπηρεσιών συμπληρώνεται από αυτοδύναμα γραφεία και τις Γραμματείες Σχολών και Ακαδημαϊκών Τμημάτων.