Η Μονάδα Εσωτερικού Ελέγχου (Μ.Ε.Ε.) του Πανεπιστημίου Αιγαίου συστάθηκε ως αυτοτελής και ανεξάρτητη μονάδα, σύμφωνα με Απόφαση του Πρυτανικού Συμβουλίου του Ιδρύματος της υπ’ αριθ. 52/15.12.2022, θέμα 4.1 συνεδρίασης, η οποία δημοσιεύτηκε στις 22 Δεκεμβρίου 2022 στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως (ΦΕΚ 6634/τ.Β΄).
Η Μ.Ε.Ε. είναι αυτοτελής και ανεξάρτητη υπηρεσία, η οποία λειτουργεί σε επίπεδο τμήματος, υπάγεται απευθείας στον Πρύτανη του Πανεπιστημίου και συνεργάζεται με το Συμβούλιο Διοίκησης.
Αποστολή της Μονάδας Εσωτερικού Ελέγχου είναι η βελτίωση της λειτουργίας του συστήματος εσωτερικού ελέγχου του Α.Ε.Ι. με στόχο:
α) την ενίσχυση της αποτελεσματικότητας και της αποδοτικότητάς του,
β) την αξιοπιστία του και
γ) την υποστήριξη του φορέα για την επίτευξη των στρατηγικών του στόχων μέσω της εύλογης διαβεβαίωσης ως προς την αποδοτικότητα και αποτελεσματικότητα των συστημάτων και διαδικασιών διακυβέρνησης, διαχείρισης κινδύνων και των δικλίδων ελέγχου.
Η Μονάδα Εσωτερικού Ελέγχου ασκεί τις αρμοδιότητες του άρθρου 10 τουν. 4795/2021 (Α’ 62) και ειδικότερα του άρθρου 213 του ν.4957/2022(Α΄141/21.07.2022).