Μεριμνά για την εύρυθμη υλοποίηση των προγραμμάτων μεταπτυχιακών σπουδών (ΠΜΣ) των Τμημάτων του Πανεπιστημίου, την εφαρμογή της κείμενης νομοθεσίας και την έκδοση οδηγιών και εγκυκλίων προκειμένου να εξασφαλίζεται ενιαία εφαρμογή και λειτουργία των Γραμματειών των ΠΜΣ του Ιδρύματος. Επίσης, εποπτεύει τις διαδικασίες ίδρυσης ή τροποποίησης ΠΜΣ, ίδρυσης κοινών ΠΜΣ και προγραμμάτων εκπόνησης διδακτορικών διατριβών μεταξύ Τμημάτων του Πανεπιστημίου Αιγαίου και Τμημάτων ΑΕΙ της ημεδαπής ή αλλοδαπής ή ερευνητικών κέντρων ή ινστιτούτων.
