Έχει την ευθύνη της κατάρτισης, παρακολούθησης, εκτέλεσης και αναμόρφωσης του Τακτικού Προϋπολογισμού και του Προϋπολογισμού Δημοσίων Επενδύσεων του Πανεπιστημίου. Μεριμνά για την έκδοση οδηγιών και εγκυκλίων, προκειμένου να εξασφαλίζεται ενιαία εφαρμογή και λειτουργία από τα αντίστοιχα καθ’ ύλην αρμόδια περιφερειακά τμήματα.